Согласен с Игорем, каким-то образом оспорить решение налоговиков вряд ли удастся. По крайней мере, я таких путей не вижу.
Цитата: ...Как теперь нам быть с документами:договора и сметы мы составляли с учетом налога 6 % и налоги с ФОТ были заложены по 14% (ПФР); счет фактуры мы не выписывали, акты выполненных работ выставляли без НДС; товары и услуги принимали на учет не выделяя НДС. Каким образом мы объясним своим заказчикам что мы должны доначислить НДС , и увеличить договорные суммы на суммы налогов, иначе мы отработали 2 года себе в убыток.🤯Как быть с НДС ? НДС сверху выполненных работ (заказчикам лучше, но нам платить в бюджет больше) или выдергивать из общей суммы (заказчикам корректировать свою отчетность).Переделывать весь учет почти за два года...
В Вашей ситуации это самое сложное.
Контрагенты на просьбу о переделки документов вполне могут ответить формальным отказом. Они не обязаны ничего переделывать. Вся ответственность за сложившуюся ситуацию лежит на Ваших плечах.
Хотя, всё зависит от людей, и кое-кто может и пойти Вам на встречу.
Вопрос, до каких пределов. Вряд ли кто-нибудь согласиться доплатить Вам сумму НДС. Я еще не встречал таких добродетелей.
Но вот на переоформление договоров с выделением в сумме сделки НДС, возможно и пойдет кто-нибудь. Правда, для них это выльется в необходимость уточнений деклараций по прибыли и НДС, зато в сумме налоговая нагрузка может уменьшиться... Правда, налоговики могут "косо" посмотреть на такие поздние переделки...
А во всём остальном НДС придется платить за свой счет - сверх стоимости по договору.
Единственный положительный момент - Вы сможете предъявить к вычету весь НДС за этот период. При условии, конечно, если найдете правильно оформленные счета-фактуры.
Цитата: Сложность в том что еще присутствует ЕНВД.
Боюсь, что Вы даже не представляете себе, какая "сложность"
ЕНВД - следующий "удар". В нем тоже есть требование о доле организаций.
Читаем первоисточник - гл 26.3 "ЕНВД":
Статья 346.26. Общие положения
...
2.2. На уплату единого налога не переводятся:
...
2) организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов. Указанное ограничение не распространяется на организации, уставный капитал которых полностью состоит из вкладов общественных организаций инвалидов, если среднесписочная численность инвалидов среди их работников составляет не менее 50 процентов, а их доля в фонде оплаты труда - не менее 25 процентов, на организации потребительской кооперации, осуществляющие свою деятельность в соответствии с Законом Российской Федерации от 19 июня 1992 года N 3085-1 "О потребительской кооперации (потребительских обществах, их союзах) в Российской Федерации", а также на хозяйственные общества, единственными учредителями которых являются потребительские общества и их союзы, осуществляющие свою деятельность в соответствии с указанным Законом;Этот пункт тоже вступил в силу с 01.01.2009...
Так что претензия налоговиков по этому основанию тоже может быть еще впереди...
Хотя, если у Вас аптека, то тогда этот пункт вступает в силу только в 2011 году.
Второй "положительный" момент во всей этой истории, что уплаченный налог по УСН (и по ЕНВД) может быть зачтен в счет уплаты налогов (на прибыль, НДС) или возвращен Вам на расчетный счет.
Успехов!